Am 30. Juni 1965 verließ die letzte Sea Hawk das Geschwader und wurde über Zwischenhändler an die Indische Marine verkauft. Die bisherige Aufklärungsstaffel wird aufgelöst und nur einen Tag später, am 01. Juli 1965 als 2. Fliegende Staffel mit dem Waffensystem F-104 Starfighter neu aufgestellt.

Fliegen, fliegen und nochmals fliegen...das ist die Hauptaufgabe einer fliegenden Staffel. Jährlich fliegt das Geschwader Tausende Flugstunden mit seinen Flugzeugen und das nicht nur in heimischen Lüften. Die Einsatzräume erstrecken sich dabei über ganz Europa, von Nord-Norwegen bis Süditalien, von der deutsch-deutschen Grenze bis zu den Azoren.

Gesteuert und koordiniert werden alle Einsätze aus dem Geschwadergefechtsstand des Stab Fliegende Gruppe.

Um für mögliche Bedrohungsszenarien oder einen Ernstfall gut gerüstet zu sein, stehen neben den fliegerischen Aufgaben die Aus- und Weiterbildung in den Staffeln auf dem Programm. Um dafür fit zu sein, gehört ein nach Flugstunden und Einsatzarten vorgeschriebenes Jahresflugstundenprogramm einschließlich der theoretischen Fortbildung. Auch regelmäßiges Training im Flugsimulator und ständige theoretische Weiterbildung halten die Piloten und seit Einführung des Tornado auch die neu hinzu gekommene Gattung der Waffensystemoffiziere (WSO) auf hohem Ausbildungsstand.

Somit können sie das Geschwader bei internationalen Übungen angemessen vertreten. In nationalen und NATO-Überprüfungen müssen die Staffeln regelmäßig ihren Ausbildungsstand beweisen. 

Mit der Außerdienststellung des MFG1 wurde die 2.fliegende Staffel aufgelöst und gleichzeitig als 3.fliegende Staffel im MFG2 in Eggebek neu aufgestellt und integriert. Auch das Staffelwappen wurde übernommen und mit leicht geändertem Text "3.MFG2" bis zur Auflösung des MFG2 im Jahr 2005 beibehalten.